1、有些企業瓶裝水與桶裝水的生產工藝是不一樣的，譬如：瓶裝水使用臭氧滅菌、桶裝水使用過濾除菌和（或）紫外滅菌；桶裝水流通快，沒必要像瓶裝水那樣入庫等臭氧分解完畢再進入流通環節。

2、桶裝水的包裝密封性較瓶裝水差，儲運過程中容易吸入空氣導致微生物污染；且桶裝水是沒有外包裝的，直接接觸外界空氣。儲運過程產品直接受力，產品內外壓差波動大，很容易短暫密封失效；保質期過長或長期貯存容易微生物超標。

3、大部分桶裝水生產線（尤其是旋轉灌裝機），內洗機與灌裝機之間的輸送鏈很難確保無菌；而較先進的非接觸式定量灌裝機對于灌裝空間的凈化要求很高，灌裝間空氣潔凈度須維持在萬級下局部百級或整體千級。

4、桶裝水的物流成本很高，通常銷售半徑都在城區范圍內，部分覆蓋郊區，很少跨地銷售；且桶裝水流轉速度很快，通常流轉不會超過一周，保質期沒必要很長；且短保質期還可以避免配送商“先進先出”不完整。

5、桶裝水設備與廠房投資低（先進的2000BPH全自動線含水處理也只有600萬左右），行業門檻低；導致小很多作坊式小企業出現，小企業整體質量管理水平不高。

桶裝水打開后的保質期

桶裝水在開封后接觸到細菌引起污染，這些細菌的主要來源于手、杯子、飲水機等。 如果是手觸碰桶裝水的封口，很容易將細菌殘留在桶口上；如果是杯子不經常清洗也會使細菌殘留；飲水機是很容易滋生細菌的地方，因為桶裝水內的雜質、礦物質都會沉淀在飲水機的內膽里，時間一長，就會嚴重影響到飲用水的質量。開封了的桶裝水的保質期較長只有15天，較佳飲用時間為5~7天。開封的桶裝水如果放置超過半個月，雖然口感沒有什么變化，但細菌已經超標。所以我們喝桶裝水的時間不宜太長。如果超過了15天還沒有喝完的話，剩下的水就不要再喝了，可作其它處理，不要浪費。